微波的热效应主要起快速升温杀菌作用：而非热效应则使用微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或 。因此，微波杀菌温度低于常规方法，一般比较，常规方法杀菌温度要在100-120度以上，时间要在十几分钟至几十分钟，而微波杀菌温度仅在70至90度，时间约为几分钟（例如：豆制品细菌总数6-7万左右，经过微波杀菌以后细菌总数只有6千以下，大肠菌群小于30，时间十五分钟左右达到食品杀菌的要求）。
微波干燥、杀菌、加热、熟化、焙烤、脱腥、膨化和保鲜处理。目前已用于各种调味品、添加剂、各种蛋 、蔬菜粉、米粉、麦片、豆奶粉、袋装、果脯  卤菜类、肉类小包装、方便面、 、糕点、各种肉类制品、鱼片干、海产品、脱水蔬菜、土豆片、腰果、花生米、瓜子、豆制品、休闲食品、盒饭加热